Le 21 mars 1963, Alcatraz ferma officiellement ses portes et tous les prisonniers furent transférés hors de l'île. Seulement la vérité est tout autre : au matin du 20 mars, les deux gardiens de la relève découvrent le bâtiment entièrement vide, sans trace des détenus ni des gardiens et aucun indice indiquant où ils se trouvent. San Francisco, de nos jours. Le lieutenant Rebecca Madsen et le professeur Diego Soto, historien spécialiste d'Alcatraz qui vit de l'écriture de bandes dessinées, s'associent avec une agence secrète dirigée par Emerson Hauser. Leur mission est de retrouver les 302 prisonniers et gardiens de la célèbre prison qui ont traversé le temps jusqu'à aujourd'hui sans vieillir et avec une mission indéterminée.