Après avoir été exposées à du mutagène extraterrestre, quatre jeunes tortues, Leonardo, Raphael, Donatello et Michelangelo, sont adoptées par un humain mutant lui aussi, transformé en rat et surnommé Splinter. Ce dernier les élève comme ses propres enfants et leur enseigne les arts martiaux. Le jour de leurs 15 ans, les quatre frères sont autorisés à sortir pour la première fois des égouts dans lesquels ils ont été élevés. Ils peuvent enfin déambuler dans les rues de New York. Ils y rencontrent notamment April O'Neil, une adolescente douée en informatique. Son père a été enlevé par les Kraangs, extra-terrestres semblables à des cerveaux à tentacules.