April O'Neil a été capturée par Shredder. Les tortues ninja partent à sa recherche et combattent Bebop et Rocksteady pour la délivrer. Elle leur apprend que Shredder a placé des bombes dans le fleuve Hudson pour détruire le barrage et ensevelir la ville. Après avoir désamorcé les bombes, les tortues ninja rentrent dans leur repaire, saccagé par Shredder qui a enlevé leur maître Splinter. Ils partent dans les rues de New-York, et retrouvent leur maître sur le toit d'un immeuble, gardé par le robot tortue. Ils vont ensuite à l'aéroport pour récupérer leur dirigeable, puis infiltrent la base de Shredder, détruisent le technodrome et vainquent finalement Shredder.