Thomas se lance dans une mission pour trouver un remède à une maladie mortelle connue sous le nom de « Braise » (virus VC321xb47). Il compte aussi récupérer Minho et tuer Ava Paige. Afin de sauver leurs amis, ils devront pénétrer dans la légendaire et sinueuse Dernière Ville contrôlée par la terrible organisation WICKED. Une cité qui pourrait s’avérer être le plus redoutable des labyrinthes. Seuls les Blocards qui parviendront à en sortir vivants auront une chance d’obtenir les réponses tant recherchées depuis leur réveil au cœur du Labyrinthe.