La troisième édition du jeu est sortie en 1998 et, comme la seconde édition, était concentrée sur la rationalisation des règles de simulation pour les grandes batailles. Cette troisième édition des règles était notamment plus simple et moins sujette à définir les capacités des personnages et unités uniquement sur le résultat d'un jet de dés. Le livre de règles est disponible seul ou en coffret contenant des figurines de Space Marines et de la nouvelle faction introduite, les Eldars Noirs. Le système des armées déclinées en tomes appelés Codex a été maintenu pour cette troisième édition, au vu de sa popularité.

Un peu avant la fin de la troisième édition, quatre nouveaux codex d'armées ont été introduits: les races xénomorphes des Nécrons et des Tau et deux armées de l'Inquisition: l'Ordo Malleus (appelés Chasseurs de Démons), et l'Ordo Hereticus (appelés Chasseurs de Sorcières); les unités de ces deux dernières armées avaient figuré dans les extensions récentes (telles que Realm of Chaos et Codex: Soeurs de Bataille). À la fin de la troisième édition, les armées de l'Inquisition étaient rééditées avec de tout nouveaux dessins et listes d'unités. L'arrivée des Tau a coïncidé avec une montée en popularité du jeu aux États-Unis.