C'est une période de changement. L'humanité a été ravagée par la maladie et les guerres civiles suite à la propagation du virus ALZ-113. Les rescapés tentent de survivre en évitant tout contact avec les singes qui se sont établis depuis dix ans dans les ruines de San Francisco. César, le chimpanzé devenu leader, porte les cicatrices d'un passé douloureux et vit dans l'angoisse d'un futur incertain. Lorsque la trêve entre les hommes et les singes se brise, César va devoir mener une guerre pour protéger les siens...