L'action se déroule 18 mois après celle de Gears of War 2 et la perte de Jacinto, le dernier bastion humain. Une partie de la CGU, dont l'escouade Delta a trouvé refuge sur un navire nommé "Le Souverain". Marcus Fénix fait un rêve étrange au sujet de son père. À son réveil, le capitaine de bord demande à Marcus et à son compagnon de guerre Dominic Santiago mais également à Anya Stroud de le rejoindre pour leur signaler la venue du président Prescott, jusqu'alors disparu des terres de Sera. À son arrivée, le président remet à Marcus un enregistrement réalisé par son père Adam Fenix. Mais les ennuis ne tardent pas à arriver et le navire est soudainement attaqué. De son côté, Augustus "Cole train" Cole, accompagné de Damon Baird, Clayton Carmine et Sam Byrne, retourne dans sa ville natale d'Hanovre, à la recherche de vivres, là où jadis, il fut le héros incontesté de TrashBall. Un nouvel ennemi fait son apparition, il s'agit des "Lambents", commun aux humains et aux Locustes.