Desmond, après avoir rencontré Junon et activé la pomme d'Éden qui a pris le contrôle de son corps pour tuer Lucy Stillman, se retrouve dans le coma. Rebecca, Shaun et un certain William décident donc de le remettre dans l'Animus pour le sauver. Là, Desmond y retrouve une reconstitution de la conscience du Sujet 16, qui lui explique que le mode de fonctionnement spécial où il se trouve dans l'Animus, appelé Black Room, lui permettra de continuer sa synchronisation avec ses ancêtres afin de parvenir à un « nexus de synchronisation ». Ce nexus temporel est un point dans le temps où les histoires de Altair, Ezio et Desmond se rejoignent, permettant à Desmond de sortir de son coma.