Le joueur incarne Nathan Drake, un chasseur de trésor qui parcourt le globe à la recherche de reliques et autres objets de valeurs. Nathan est persuadé d'être le descendant de l'illustre corsaire et explorateur Francis Drake disparu dans de mystérieuses conditions après avoir amassé de nombreux trésors. Accompagné de son compère, Victor Sullivan, et d'une réalisatrice de documentaires, Elena Fisher, le héros tente de dévoiler les secrets entourant le destin de son supposé ancêtre dans un périple qui le mènera en Amazonie puis sur une petite île du Pacifique sur les traces de l'El Dorado, « L'homme doré ». Mais il découvre qu'il n'est pas le seul à le chercher, une organisation de chercheurs d'artéfacts(à sa tête Gabriel Roman et son bras droit Attoq Navarro) le recherche également. Nathan Drake découvre également qu'une malédiction plane sur le trésor perdu.