En l'an 842, le Maréchal Cid Aulstyne prend le pouvoir en l'absence inexpliquée de l'empereur. Celui-ci décide de violer le saint traité et de partir à la conquête des autres pays. L'assaut est d'abord lancé sur Lolica et Concordia puis sur Suzaku, le Peristylium de Rubrum. Toutefois, Suzaku possède une école spécialisée dans la magie qui va tenter de défendre le cristal et le pays. C'est alors que les quatorze élèves de la prestigieuse Class Zero se lèvent et partent en guerre face à cet empire, avec en tête la légende : quatre lumières ont créé avec l'aide des humains le monde d'Orience, dont l'avenir est voué par un phénomène nommé Finis que seul un guerrier désigné sous le nom d'Agito pourrait empêcher. Chacun des élèves aspire à devenir ce héros légendaire...