L'action se déroule sur la planète Terre en l'an 2065. Dans ce futur, les êtres humains ont déserté de nombreuses villes et se sont rassemblés dans certaines qu'ils ont protégées des fantômes. Ces fantômes tirent leur énergie des êtres vivants en capturant leurs âmes. Le professeur Aki Ross, héroïne de ce film, s'est chargée de les faire disparaître en partant à la recherche de 8 esprits, qui, unis, détruiront tous les fantômes. Aidée par le professeur Cid, Aki se retrouvera dans de nombreuses expériences, tant dans sa vie que dans ses rêves inexpliqués. Elle trouvera l'amour avec le capitaine Gray Edwards. Et elle s'opposera au général Hein qui lui, souhaite détruire la source de tous les fantômes, le Cratère aux Fantômes, au moyen d'un canon laser spatial.