Après avoir vu le système solaire détruit par les extraterrestres appelés Gauna il y a mille ans de cela, les rescapés furent contraints à l'exil dans les vastes confins de l'univers à la recherche d'une nouvelle planète habitable. Toutefois, cette guerre millénaire contre les Gaunas perdura, obligeant les Humains à trouver un moyen d'affronter leurs ennemis jurés pour trouver un Eden perdu dans l'univers. Ils transcendent alors l'espace à bord de plusieurs vaisseaux, dont le "Sidonia", recelant une puissante armada de Sentinelles, armes révolutionnaires mises au point pour éradiquer la menace. Un jeune Sidonien, Nagate Tanikaze, entraîné à combattre, rêve de faire partie de l'élite des pilotes et de consacrer sa vie à protéger Sidonia. Il n'imagine pas un seul instant qu'il marchera dans les pas de son grand-père...