Après avoir été séparée de son TARDIS pendant son traumatisme post-régénératif, le Docteur a été aidé dans sa guérison par Graham et Grace O'Brien, Ryan Sinclair et Yasmin Khan. Après une bataille contre Tzim-Sha, qui a entraîné la mort de Grace, le Docteur a accidentellement emmené Graham, Ryan et Yaz avec elle dans sa recherche du TARDIS.

Après avoir récupéré le TARDIS, le Docteur a prévu de ramener le trio chez lui, en faisant quelques arrêts en cours de route. Cependant, lorsqu'ils atteignent Sheffield, ils décident tous les trois de rester. En voyageant ensemble, ils ont développé un lien étroit et familial, se surnommant eux-mêmes l'équipe TARDIS.

Bien que le Docteur ait essayé de garder son passé derrière elle, ne partageant presque rien d'elle avec ses nouveaux amis, son histoire commence à la rattraper lorsqu'elle rencontre le Dalek de reconnaissance, l'un des premiers éclaireurs de reconnaissance de Skaro et un vieil ennemi. Elle rencontre également une nouvelle incarnation du Maître, et découvre qu'il a ravagé leur planète Gallifrey.

Alors que toute son histoire commence à s'effilocher, avec une mystérieuse incarnation passée en fuite, le retour de Jack Harkness et un Cyberman solitaire qui réveille le Cyber-Empire, le Docteur se retrouve finalement sur Gallifrey. C'est là que le Docteur a découvert le secret de ses propres vies passées en tant qu'Enfant Intemporel, un être doté de la capacité naturelle de se régénérer, qui a été trouvé et adopté par Tecteun. Après une série d'expériences, le Premier Tecteun transmit la capacité de se régénérer à son propre peuple, les Shobogans, qui découvrirent plus tard la capacité de voyager dans le temps et devinrent des Seigneurs du Temps. Le Docteur apprit qu'elle avait été enrôlée dans la Division, une organisation secrète fondée sur Gallifrey, et qu'ils lui avaient retiré ces souvenirs, ainsi que la transformation en une enfant ayant la capacité de se régénérer seulement douze fois.

Le Docteur a passé un certain temps emprisonné par les Judoon, repensant à son identité, avant de retrouver ses amis avec l'aide de Jack Harkness. Cependant, dix mois s'étaient écoulés sur Terre, et beaucoup de choses avaient changé sans elle. Après avoir vaincu les Daleks ensemble, Ryan et Graham quittèrent le TARDIS pour reprendre leur vie sur Terre. Le Docteur continue de voyager avec Yaz à ses côtés, en tant que co-pilote, qui est maintenant totalement immergée dans le monde du Docteur. Elle continue également à enquêter sur son passé perdu, à la poursuite du dernier membre survivant de la Division, Karvanista.

Dan Lewis les rejoint alors qu'ils doivent faire face à une menace existentielle sans précédent : le Flux, une force qui va détruire la structure même du cosmos et provoquer la fin de tout. Le Docteur a retrouvé une nouvelle incarnation de Tecteun, qui l'a informée que la Division était derrière le Flux, le fabriquant et le plaçant dans le but de détruire un "virus" qu'ils avaient laissé entrer dans leur "expérience" - nul autre que le Docteur lui-même. Une fois la crise résolue et la guerre pour le contrôle de l'univers restante entre la Flotte de Guerre Dalek, la Cyber-Flotte et l'Empire Sontarien terminée par une destruction mutuelle lors de l'événement final du Flux, elle rencontra l'incarnation éternelle du Temps, qui l'avertit de son destin final imminent.

Cherchant à venger le Docteur pour la destruction de leur flotte, les exécuteurs Daleks ont poursuivi le TARDIS jusqu'au stockage ELF, où il redémarrait après les dommages subis lors de la Grande Perturbation. Cependant, sans le savoir, le TARDIS avait piégé les habitants du bâtiment dans une boucle temporelle pendant qu'il redémarrait, et chaque fois que l'un d'eux mourait, il se retrouvait réinitialisé une minute plus tard que la dernière boucle. Après avoir vaincu les Daleks une fois pour toutes dans une explosion de feux d'artifice avec l'aide de Sarah et Nick, le Docteur et ses compagnons brisent la boucle temporelle et retournent dans un TARDIS entièrement réparé.