Initialement en orbite autour de la planète Bajor, une planète récemment occupée par les Cardassiens, la station Deep Space Nine est déplacée à proximité d'un vortex artificiel, occupé par des entités intemporelles, découvert par Sisko, et permettant de voyager entre le Quadrant Alpha et le Quadrant Gamma encore inexploré. DS9 a pour mission d'administrer ce secteur de la galaxie devenu un important centre économique et politique.