Deux cents ans après la mort de l'officier Ripley, une équipe de généticiens ressuscite la jeune femme en croisant son ADN avec celui d'un Alien. Le cauchemar reprend. A bord de la station Auriga, Ripley donne naissance à un fils qui lui est aussitôt enlevé. Prisonnière, elle s'efforce de renouer avec son lointain passé humain. Bientôt un autre vaisseau rejoint l'Auriga. Parmi l'équipage composé de brutes et de mercenaires, Ripley découvre une belle jeune femme, Call, avec laquelle elle ne tarde pas à se lier d'amitié.